祖师殿古名洞天观，初建于晋，北宋时改名清都观，明末毁损，清代重建。因供奉真武大帝和三丰祖师，故名真武宫，又叫祖师殿。古迹有唐代薛昌浴丹井、杜光庭读书台、清代云松塔，以及抗日将军冯玉祥所建“闻胜亭”和碑记。1982年，祖师殿被定为全国道教重点宫观，1993年，新建了灵宫殿及客房。

祖师殿背靠轩辕峰，面对白云溪，环境十分清幽。殿右有小道，直登天仓三十六峰之轩皇顶，可俯瞰青城前后山风光。